La primera temporada de la serie tiene poco desarrollo, haciéndose las verdaderas revelaciones en los últimos capítulos de la misma. El resto de los episodios son "de relleno" ya que en cada uno de ellos el grupo de amigos descubre un intento de ataque de XANA, luchan contra él, lo detienen y regresan en el tiempo.
Como complemento para evitar la monotonía de la saga, se incluyen relaciones entre los protagonistas y otros estudiantes y profesores de la escuela, con sus padres, familiares, etc. Durante todo esto, Jeremie trabaja en un programa para "materializar a Aelita" (transportarla desde el mundo virtual hasta el mundo real) y así poder apagar el superordenador para olvidarse de XANA. Al final de la temporada, Jeremie logra su objetivo pero XANA infecta a Aelita para que siga unida a Lyoko y no puedan así apagar el superordenador.
