En la tercera temporada, XANA logra poseer a Aelita y le ordena que borrase todos los sectores menos el sector 5, donde él habita. A pesar de que el grupo de amigos trata de impedirlo, XANA tiene éxito en su operación. Sin embargo, después de todo, Jeremie frustra los planes de la entidad maligna encontrando un método por el cual ingresar al sector cinco sin necesidad de hacerlo por medio de otro sector.
Considerando que XANA ahora es más poderoso que antes, el grupo decide agregar a William Dumbar al equipo. Esto resulta ser un error desastroso ya que la Scyphozoa logra poseerlo y XANA consigue inutilizar la supercomputadora y, supuestamente, también destruye Lyoko. Dentro de la máquina vacía e inútil, William se transforma en una versión oscura de sí.
En esta temporada Aelita ya es libre, por lo que sin Lyoko puede permanecer viva de todos modos. Sin embargo, la destrucción del mundo virtual obstruiría las posibilidades de que pueda conocer a Franz Hopper, su padre, pero increíblemente Jeremie recibe un mensaje cifrado de esta persona a través de Internet que demuestra que no todo está perdido.
